重庆市2011年出台了《关于进一步加快重庆水运发展的意见》，明确“市级水运发展资金从每年2亿元提高到5亿元”。如今重庆又提出将承东启西的地理优势、综合交通优势转化为服务区域经济发展的区位优势，在2017年建成长江上游航运中心。
“十一五”期前两年，重庆完成水运基础投资70亿元，嘉陵江草街航电枢纽建成通航，嘉陵江、乌江等航道建设有力推进。2012年底，重庆可通航500吨级以上船舶的高等级航道达到1400公里，港口货物吞吐能力达到1.45亿吨，集装箱300万标箱。两年来拆解老旧船舶747艘，新增标准化运力100万载重吨，运力总规模580万载重吨，标准化船舶运力占比65%，货船平均吨位达2000吨，客渡船标准化率达100%。2012年，重庆水路货运量、港口货物吞吐量继续增长、双双超过1.2亿吨，集装箱吞吐量达到80万标箱；85%以上的外贸物资通过水运完成。
与此同时，重庆航运服务体系初具雏形。以重庆航交所为依托，该市开展航运交易结算、金融保险、战略研究、优惠政策实施等服务，启动交通电子口岸建设，两年累计完成交易结算89亿元，在聚集航运要素、降低物流成本和引导市场发展等方面发挥了重要作用，周边省市货物中转量比重由30%提高到40%以上。
围绕“2017年将重庆建成长江上游航运中心”这一目标，重庆将继续加强水运基础设施建设。“十二五”期间，该市水运将完成投资200亿元，实现高等级航道里程超过1600公里，打造适应长江三峡国际黄金旅游带发展需求的邮轮母港，全市港口货物吞吐能力达到2亿吨；大力发展综合水运物流，船型标准化率达到75%以上，大力发展铁水联运、江海联运、水水中转等综合运输方式，形成长江上游最大的“港口、物流、产业”三结合的现代港口物流枢纽；着力增强现代航运服务能力，将重庆航交所建设成为全国内河具有影响力的交易中心、结算中心、信息中心和人才中心；强化水上安全监管，推进水上应急救援体系建设；以节约资源和提高效率为核心，引导和鼓励企业建设低碳港口，推广LNG动力船舶，水陆甩挂运输，大力推动与生态文明相适应的绿色循环低碳水运体系建设。
